Il y a 26 ans dans l’établissement de Yomiyama au Japon, un jeune nommé Yomiyama Misaki meurt dans un incendie. Ses camarades de classe de la 3-3, très attristés, décident de faire comme s’il était encore en vie jusqu’à la remise des diplômes. Et c’est sur la photo de classe de fin d’année qu’ils purent constater que leur camarade décédé était présent sur la photo lui aussi.
Vingt-six ans après le drame, en 1998, un jeune garçon nommé Koichi Sakakibara est transféré dans cette classe et y découvre une atmosphère oppressante ainsi qu’un étrange comportement provenant de ses nouveaux camarades de classe. Il rencontre alors une élève très discrète, Misaki Mei qui porte un étrange bandeau à l’œil gauche, les autres élèves de sa classe semblent ne pas la voir. Fantôme ou pas, Koichi compte bien en savoir plus sur elle et ce qui s’est passé dans cette école.